Tento štukový a kamenný exteriér sa vizuálne vymyká svojmu koloniálnemu okoliu v historickej štvrti Casco Viejo v Panama City. Dôvodom je, že kostol v skutočnosti pochádza z oveľa staršieho mesta Panama Viejo a bol prevezený z jeho ruín. Panama Viejo, ktoré sa nachádza 12 kilometrov od historického centra Panamy, je najstarším mestom založeným európskymi osadníkmi v Severnej Amerike a datuje sa do roku 1519. Panama Viejo bolo zničené v roku 1671 počas útoku, ktorý viedol waleský pirát Henry Morgan. Obyvatelia sa rozhodli presťahovať na polostrov – na miesto dnešného Casco Viejo, aby boli lepšie chránení pred útokmi.

Kostol La Iglesia de la Merced postavili začiatkom 16. storočia františkánski mnísi. Tí prevážali kostol tehlu po tehle na nové miesto (kým im nedošli finančné prostriedky) a dokončili ho z dreva. Prvá omša sa slúžila v deň slávnostného znovuzaloženia Panama City v roku 1673.

Na rozdiel od iných koloniálnych kostolov je interiér podopretý dreveným stropom a zmes povrchov je architektonickou lahôdkou. Okrem toho je miesto známe svojou mozaikou, ktorá lemuje priestor pozdĺž chodníka. Tá pochádza z roku 1732.

Kostol sa pýši aj sochou svätej Márie de la Cervello z 13. storočia. Po jej smrti sa plavila na krídlach vetra, aby zachránila lode, ktorým hrozilo potopenie.